Иммобилизация белковых макромолекул в ячейках биочипов из различных полимеров
- Авторы: Штылев Г.Ф.1, Шишкин И.Ю.1, Василисков В.А.1, Барский В.Е.1, Кузнецова В.Е.1, Шершов В.Е.1, Поляков С.А.1, Мифтахов Р.А.1, Бутвиловская В.И.1, Заседателева О.А.1, Чудинов А.В.1
-
Учреждения:
- Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
- Выпуск: Том 59, № 3 (2025)
- Страницы: 485-504
- Раздел: СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ БИОПОЛИМЕРОВ И ИХ КОМПЛЕКСОВ
- URL: https://vietnamjournal.ru/0026-8984/article/view/689633
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0026898425030107
- EDN: https://elibrary.ru/PUTEEN
- ID: 689633
Цитировать
Полный текст



Аннотация
Микрочипы с иммобилизованными белковыми зондами используются в анализе белковых проб. Ключевыми задачами технологии биочипов являются подбор материалов для изготовления биочипов, функционализация поверхности носителя, получение упорядоченных матриц ячеек, иммобилизация белковых молекулярных зондов в ячейках, достижение высокой чувствительности анализа белковых проб. Белковые зонды для сохранения их аффинных свойств иммобилизовали в ячейках биочипов в “мягких” условиях. Для достижения высокой концентрации и пространственной доступности зонды иммобилизовали в трехмерных ячейках, получаемых из динамически подвижных щеточных полимеров, закрепленных на подложке только одним концом. Матрицу ячеек получали на поверхности подложки методом фотоиндуцированной радикальной полимеризации мономеров с реактивными химическими группами в соответствии с шаблоном фотомаски. Проведен сравнительный анализ полимерных щеточных структур, полученных на подложке из полибутилентерефталата методом фотоиндуцированной радикальной полимеризации. Эти структуры состояли из звеньев одного или нескольких мономеров. Исследовали влияние способа активации реактивных групп на полимерных цепях на эффективность иммобилизации в ячейках молекулярных белковых зондов, а также состава акрилатных мономеров, из которых получали ячейки, на специфическое связывание ответных белков с белковыми зондами, иммобилизованными в ячейках биочипов. Разработан новый метод изготовления биочипов. Подложки из фотонеактивного полибутилентерефталата покрывали тонким слоем фотоактивного полимера поливинилацетата. Ячейки, которые получали фотополимеризацией мономеров на модифицированной подложке, не разрушаются и не отслаиваются от поверхности в водных растворах. Подложки, покрытые поливинилацетатом, не адсорбируют белки. В качестве моделей белковых зондов использовали стрептавидин и иммуноглобулины человека, а в качестве ответных белков — биотинилированные иммуноглобулины козы и антитела козы против иммуноглобулинов человека. Установлено, что полимеры с нерегулярной структурой способствуют более высокой концентрации белковых зондов и их равномерному распределению внутри ячеек, что положительно влияет на эффективность специфического связывания с ответными белками. Биочипы с ячейками из щеточных полимеров на подложке из черного полибутилентерефталата представляют интерес для дальнейшего совершенствования с целью использования в иммунофлуоресцентном анализе белковых мишеней для развития технологий микроанализа “лаборатория на чипе”.
Ключевые слова
Полный текст

Об авторах
Г. Ф. Штылев
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
И. Ю. Шишкин
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
В. А. Василисков
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
В. Е. Барский
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
В. Е. Кузнецова
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
В. Е. Шершов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
С. А. Поляков
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
Р. А. Мифтахов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
В. И. Бутвиловская
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
О. А. Заседателева
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
А. В. Чудинов
Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук
Автор, ответственный за переписку.
Email: chud@eimb.ru
Россия, Москва, 119991
Список литературы
- Лысов Ю.П., Флорентьев В.Л., Хорлин А.А., Храпко К.Р., Шик В.В., Мирзабеков А.Д. (1988) Определение нуклеотидной последовательности ДНК гибридизацией с олигонуклеотидами. Новый метод. ДАН СССР. 303(6), 1508.
- Khrapko K.P., Ivanov I.B., Lysov Yu.P., Khorlin A.A., Shick V.V., Floreniev V.L., Mirzabekov A.D. (1989) An oligonucleotide hybridization approach to DNA sequencing. FEBS Lett. 256, 118–122.
- Drmanac R., Labat I., Brukner I., Crkvenjakov R. (1989) Sequencing of megabase plus DNA by hybridization: theory of the method. Genomics. 4(2), 114–128.
- Southern E.M., Maskos U., Elder J.K. (1992) Analyzing and comparing nucleic acid sequences by hybridization to arrays of oligonucleotides: evaluation using experimental models. Genomics. 13(4), 1008–1017.
- Aparna G.M., Tetala K.K.R. (2023) Recent progress in development and application of DNA, protein, peptide, glycan, antibody, and aptamer microarrays. Biomolecules. 13(4), 602.
- Gryadunov D., Dementieva E., Mikhailovich V., Nasedkina T., Rubina A., Savvateeva E., Fesenko E., Chudinov A., Zimenkov D., Kolchinsky A., Zasedatelev A. (2011) Gel-based microarrays in clinical diagnostics in Russia. Exp. Rev. Mol. Diagn. 11, 839–853.
- Varachev V., Shekhtman A., Guskov D., Rogozhin D., Zasedatelev A., Nasedkina T. (2024) Diagnostics of IDH1/2 mutations in intracranial chondroid tumors: comparison of molecular genetic methods and immunohistochemistry. Diagnostics. 14, 200.
- Brittain W.J., Brandstetter T., Prucker O., Rühe J. (2019) The surface science of microarray generation — a critical inventory. ACS Appl. Materials Interfaces. 11(43), 39397–39409.
- Rother D., Sen T., East D., Bruce I.J. (2011) Silicon, silica and its surface patterning/activation with alkoxy- and amino-silanes for nanomedical applications. Nanomedicine. 6(2), 281–300.
- Akkoyun A., Bilitewski U. (2002) Optimisation of glass surfaces for optical immunosensors. Biosensors Bioelectronics. 17, 655–664.
- Zhi Z.L., Powell A.K., Turnbull J.E. (2006) Fabrication of carbohydrate microarrays on gold surfaces: direct attachment of nonderivatized oligosaccharides to hydrazide-modified self-assembled monolayers. Analyt. Chem. 78(14), 4786–4793.
- Afanassiev V., Hanemann V., Wölfl S. (2000) Preparation of DNA and protein micro arrays on glass slides coated with an agarose film. Nucl. Acids Res. 28(12), E66.
- Dufva M., Petronis S., Jensen L.B., Krag C., Christensen C.B.V. (2004) Characterization of an inexpensive, nontoxic, and highly sensitive microarray substrate. BioTechniques. 37(2), 286–296.
- Straub A.J., Scherag F.D., Kim H.I., Steiner M.-S., Brandstetter T., Rühe J. (2021) “CHicable” and “Clickable” copolymers for network formation and surface modification. Langmuir. 37(21), 6510–6520.
- Damin F., Galbiati S., Gagliardi S., Cereda C., Dragoni F., Fenizia C., Savasi V., Sola L., Chiari M. (2021) CovidArray: a microarray based assay with high sensitivity for the detection of SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs. Sensors. 21, 2490.
- Zhou Y., Andersson O., Lindberg P., Liedberg B. (2004) Protein microarrays on carboxymethylated dextran hydrogels: immobilization, characterization and application. Microchim. Acta. 147, 21–30.
- Rubina A.Y., Pan’kov S.V., Dementieva E.I., Pen’kov D.N., Butygin A.V., Vasiliskov V.A., Chudinov A.V., Mikheikin A.L., Mikhailovich V.M., Mirzabekov A.D. (2004) Hydrogel drop microchips with immobilized DNA: properties and methods for large-scale production. Anal. Biochem. 325, 92–106.
- Shaskolskiy B., Kandinov I., Kravtsov D., Vinokurova A., Gorshkova S., Filippova M., Kubanov A., Solomka V., Deryabin D., Dementieva E., Gryadunov D. (2021) Hydrogel droplet microarray for genotyping antimicrobial resistance determinants in Neisseria gonorrhoeae isolates. Polymers. 13, 3889.
- Savvateeva E.N., Yukina M.Y., Nuralieva N.F., Filippova M.A., Gryadunov D.A., Troshina E.A. (2021) Multiplex autoantibody detection in patients with autoimmune polyglandular syndromes. Int. J. Mol. Sci. 22, 5502.
- Rendl M., Bönisch A., Mader A., Schuh K., Prucker O., Brandstetter T., Rühe J. (2011) Simple one-step process for immobilization of biomolecules on polymer substrates based on surface-attached polymer networks. Langmuir. 27, 6116–6123.
- Stumpf A., Brandstetter T., Hübner J., Rühe J. (2019) Hydrogel based protein biochip for parallel detection of biomarkers for diagnosis of a Systemic Inflammatory Response Syndrome (SIRS) in human serum. PLoS One. 14(12), e0225525.
- Zubtsov D.A., Savvateeva E.N., Rubina A. Yu., Pan’kov S.V., Konovalova E.V., Moiseeva O.V., Chechetkin V.R., Zasedatelev A.S. (2007) Comparison of surface and hydrogel-based protein microchips. Anal. Biochem. 368, 205–213.
- Ma H., Davis R.H., Bowman C.N. (2000) A novel sequential photoinduced living graft polymerization. Macromolecules. 33, 331–335.
- Pu Q., Oyesanya O., Thompson B., Liu S., Alvarez J.C. (2007) On-chip micropatterning of plastic (Cyclic Olefin Copolymer, COC) microfluidic channels for the fabrication of biomolecule microarrays using photografting methods. Langmuir. 23, 1577–1583.
- Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Emelyanova М.А., Guseinov T.O., Lapa S.A., Nasedkina T.V., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. (2017) Synthetic route to novel zwitterionic pentamethine indocyanine fluorophores with various substitutions. Dyes Pigments. 147, 199–210.
- Lysov Y., Barsky V., Urasov D., Urasov R., Cherepanov A., Mamaev D., Yegorov Y., Chudinov A., Surzhikov S., Rubina A., Smoldovskaya O., Zasedatelev A. (2017) Microarray analyzer based on wide field fluorescent microscopy with laser illumination and a device for speckle suppression. Biomed. Optics Express. 8, 4798–4810.
- Штылев Г.Ф., Шишкин И.Ю., Шершов В.Е., Кузнецова В.Е., Качуляк Д.А., Бутвиловская В.И., Левашова А.И., Василисков В.А., Заседателева О.А., Чудинов А.В. (2024) Иммобилизация белковых зондов на биочипах с ячейками из щеточных полимеров. Биоорган. химия. 50(5), XX–ХX.
- Mueller M., Bandl C., Kern W. (2022) Surface-immobilized photoinitiators for light induced polymerization and coupling reactions. Polumers. 14, 608.
- Trmcic-Cvitas J., Hasan E., Ramstedt M., Li, X., Cooper M.A., Abell C., Huck W.T.S., Gautrot J.E. (2009) Biofunctionalized protein resistant oligo(ethylene glycol)derived polymer brushes as selective immobilization and sensing platforms. Biomacromolecules. 10, 2885–2894.
- Zilio C., Sola L., Damin F., Faggioni L., Chiari M. (2014) Universal hydrophilic coating of thermoplastic polymers currently used in microfluidics. Biomed Microdevices. 16, 107–114.
- Штылев Г.Ф., Шишкин И.Ю., Лапа С.А., Шершов В.Е., Барский В.Е., Поляков С.А., Василисков В.А., Заседателева О.А., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В. (2024) Получение активных аминогрупп на поверхности полиэтилентерефталатной пленки и их количественная оценка для технологии биологических микрочипов. Биоорган. химия. 50(5), 665‒671.
- Мифтахов Р.А., Иконникова А.Ю., Василисков В.А., Лапа С.А., Левашова А.И., Кузнецова В.Е., Шершов В.Е., Заседателев А.С., Наседкина Т.В., Чудинов А.В. (2023) Биочип с ячейками из щеточных полимеров с реактивными карбоксильными группами для анализа ДНК. Биоорган. химия. 49(6), 641–648.
- Ogiwara Y., Kanda M., Takumi M., Kubota H. (1981) Photosensitized grafting on polyolefin films in vapor and liquid phases. J. Polym. Sci. Polym. Lett. Ed. 19, 457–462.
Дополнительные файлы
