Молекулярно-эпидемиологический анализ генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010-2019 гг


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования. Характеристика генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории стран ВЕЦА в период 2010-2019 гг. Материалы и методы. Были получены нуклеотидные последовательности фрагмента гена pol (2253-3344 н.п.) ВИЧ-1 образцов плазмы крови от ВИЧ-инфицированных пациентов из России (RU), Армении (AM), Азербайджана (AZ), Белоруссии (BY), Кыргызстана (KG), Таджикистана (TJ) и Узбекистана (UZ). Коллекция была дополнена нуклеотидными последовательностями из международной базы данных. Результаты. В общей сложности был проведен анализ 1825 нуклеотидных последовательностей из исследуемых стран. Инфекция в результате незащищенного гетеросексуального контакта была доминирующим путем инфицирования (около 50%). Было отмечено снижение доли потребителей инъекционных наркотиков в период 2010- 2019гг. Доминирующими генетическими вариантами ВИЧ-1 были субсубтип A6 (64,82%), CRF63 02A1 (22,58%) и субтип B (7,40%). Причем доля CRF63 02A1 в странах Центральной Азии была значительно выше, чем в других странах ВЕЦА. Выявлено 48 уникальных рекомбинантных форм, 38 из которых были AG-рекомбинантами. Было сформировано 140молекулярных кластеров, содержащих 369 (20,22%) последовательностей. Заключение. Необходимы дальнейшие исследования генетического разнообразия ВИЧ-1 в регионе ВЕЦА и надзор за генерацией и распространением новых рекомбинантных форм ВИЧ-1.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Илья Андреевич Лаповок

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: i_lapovok@mail.ru
к.б.н., старший научный сотрудник

Алина Алексеевна Кириченко

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: kotova-kirichenko@mail.ru
научный сотрудник

Анастасия Вениаминовна Шлыкова

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: murzakova_a.v@mail.ru
научный сотрудник

Дарья Владиславовна Салеева

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: dasha_saleeva@inbox.ru
научный сотрудник

Алексей Эдуардович Лопатухин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: a.lopatukhin@gmail.com
научный сотрудник

Дмитрий Евгеньевич Киреев

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: dmitkireev@yandex.ru
к.б.н., заведующий лабораторией

Наталья Николаевна Ладная

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: n.ladnaya@hiv-russia.ru
к.б.н., старший научный сотрудник

Эркин Исакович Мусабаев

Научно-исследовательский институт вирусологии

д.м.н., профессор, директор Ташкент, Узбекистан

Евгения Ивановна Казакова

Научно-исследовательский институт вирусологии

к.м.н., млядтттий научный сотрудник Ташкент, Узбекистан

Наргиз Сапиевна Ибадуллаева

Научно-исследовательский институт вирусологии

к.м.н., старший научный сотрудник, ученый секретарь Ташкент, Узбекистан

Сабина Саик Ибрагимова

Республиканский Центр по борьбе со СПИДом

Email: cascabell@mail.ru
врач-лаборант Баку, Азербайджан

Айгюн Махир Сафарова

Республиканский Центр по борьбе со СПИДом

Email: aygun.seferova88@gmail.com
врач-лаборант Баку, Азербайджан

Агигат Кадирова

Научно-исследовательский институт легочных заболеваний

Email: office@aids.az
директор Баку, Азербайджан

Зухра Нурляминова

Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД

Email: zuha_69@bk.ru
заместитель директора Душанбе, Таджикистан

Лайло Исматова

Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД

Email: l-ismatova@mail.ru
заведующая референс-лабораторией Душанбе, Таджикистан

Мохира Зухурова

Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД

Email: mz-87-87@mail.ru
врач-лаборант Душанбе, Таджикистан

Рамшед Холназаров

Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД

Email: rholnazarov@mail.ru
врач-инфекционист Душанбе, Таджикистан

Айбек Абдылдаевич Бекболотов

Республиканский центр «СПИД» Министерства здравоохранения Киргизской Республики

Email: aibek_0001@mail.ru
заместитель директора

Эльмира Балтабаевна Нарматова

Ошский областной Центр СПИД Министерства здравоохранения Киргизской Республики

Email: elmira.narmatova@yandex.ru
главный врач

Баариниса Мусуратиллаевна Исканова

Республиканский центр «СПИД» Министерства здравоохранения Киргизской Республики

Email: i.barnisa@hotmail.com
врач-лаборант

Трдат Рафаелович Григорян

Республиканский центр по профилактике СПИДа Министерства здравоохранения Республики Армения

Email: gtrdat@yahoo.com
специалист по мониторингу и оценке

Аршак Размикович Петросян

Республиканский центр по профилактике СПИДа Министерства здравоохранения Республики Армения

Email: petrosyan@list.ru
врач-лаборант лаборатории ПЦР, микробиологии, вирусологии и генетики

Татевик Амировна Саргатян

Республиканский центр по профилактике СПИДа Министерства здравоохранения Республики Армения

Email: sarhatyantatev@mail.ru
врач-лаборант лаборатории ПЦР, микробиологии, вирусологии и генетики

Елена Леонидовна Гасич

Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии

Email: gasich@gmail.com
д.б.н., доцент, заведующая лабораторией Минск, Беларусь

Анастасия Сергеевна Бунас

Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии

Email: rrpcem@belriem.by
младший научный сотрудник Минск, Беларусь

Ирина Николаевна Глинская

Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья

Email: mail@rcheph.by
врач-эпидемиолог Минск, Беларусь

Вадим Валентинович Покровский

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: pokrovsky.vad@yandex.ru
академик РАН, д.м.н., профессор, заведующий специализированным отделом по эпидемиологии и профилактике СПИДа

Список литературы

  1. UNAIDS DATA 2019. https://www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/2019-UNAIDS-data_en.pdf
  2. Los Alamos HIV database. https://www.hiv.lanl.gov/content/index
  3. Bbosa N., Kaleebu P., Ssemwanga D. HIV subtype diversity worldwide. Curr Opin HIV AIDS 2019; 14(3): 153-60. doi: 10.1097/COH.0000000000000534
  4. Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review. Infect. Genet. Evol. 2016; 46: 150-8. DOI: 10.1016/j. meegid.2016.10.018.
  5. Diez-Fuertes F., Cabello M., Thomson M.M. Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union’s countries. Infect. Genet. Evol. 2015; 33:
  6. Thomson M.M., Najera R. Increasing HIV-1 genetic diversity in Europe. J. Infect. Dis. 2007; 196(8): 1120-4. doi: 10.1086/521683
  7. Kostaki E.-G., Karamitros T., Bobkova M., Oikonomopoulou M., Magiorkinis G., Garcia F. et al. Spatiotemporal Characteristics of the HIV-1 CRF02_AG/CRF63_02A1 Epidemic in Russia and Central Asia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2018; 34(5): 415-20. doi: 10.1089/AID.2017.0233
  8. Saad M.D., Shcherbinskaya A.M., Nadai Y., Kruglov YV., Antonenko S.V., Lyullchuk M.G. et al. Molecular epidemiology of HIV Type 1 in Ukraine: birthplace of an epidemic. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2006; 22(8): 709-14. doi: 10.1089/aid.2006.22.709
  9. Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova N. HIV-1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30(6): 592-7. doi: 10.1089/AID.2013.019
  10. Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987-2015 гг. Тер. архив 2017; 89(11): 44-9. doi: 10.17116/terarkh2017891144-49
  11. Kazennova E., Laga V., Gromov K., Lebedeva N., Zhukova E., Pronin A. et al. Genetic Variants of HIV Type 1 in Men Who Have Sex with Men in Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2017; 33(10): 1061-4. doi: 10.1089/AID.2017.0078
  12. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013; 15(4): 204-12. PMID: 24192601
  13. Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 genetic variants in the Russian Far East. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30(8): 742-52. doi: 10.1089/AID.2013.0194.
  14. Lebedev A., Pasechnik O., Ozhmegova E., Antonova A., Blokh A., Grezina L. et al. Prevalence and spatiotemporal dynamics of HIV-1 Circulating Recombinant Form 03_AB (CRF03_AB) in the Former Soviet Union countries. PLoS ONE 2020; 15(10): e0241269. doi: 10.1371/journal.pone.0241269
  15. Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., Lopatukhin A., Serova E., Shemshura A. et al. Molecular Epidemiology of HIV-1 Subtype G. in the Russian Federation. Viruses 2019; 11(4): 348. doi: 10.3390/v11040348.
  16. Саухат С.Р., Покровский В.В., Воронцов Д.В., Орлов Н.В., Рабинович В. Д., Тормозова Н.М. и др. Влияние случаев ВИЧ-инфекции, связанных с нозокомиальными очагами, на дальнейшее развитие эпидемического процесса. Эпидемиология и инфекционные болезни 2004; (4): 16-20
  17. Lebedev A., Lebedeva N., Moskaleychik F., Pronin A., Kazennova E., Bobkova M. Human Immunodeficiency Virus-1 Diversity in the Moscow Region, Russia: Phylodynamics of the Most Common Subtypes. Front. Microbiol. 2019; 10: 320. doi: 10.3389/fmicb.2019.00320
  18. Laga V., Vasilyev A., Lapovok I., Grigoryan S., Papoyan A., Glushchenko N. et al. HIV Type 1 Subtype A1 Dominates in Armenia. Current HIV Research. 2015; 13(3): 219-25. doi: 10.2174/1570162x 13666150407142834
  19. Осадчая О.А., Ерошкин П.В., Кириченко А.А., Лаповок И.А., Салеева Д.В., Лопатухин А.Э. и др. Изучение передачи лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в Республике Армения с помощью биоинформатических методов. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2021; 11(3): 53-60. doi: 10.18565/epidem.2021.11.3.53-60
  20. Saad M.D., Aliev Q., Botros B.A.M., Carr J.K., Gomatos P.J., Nadai Y. et al. Genetic Forms of HIV Type 1 in the Former Soviet Union Dominate the Epidemic in Azerbaijan. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2006; 22(8): 796-800. doi: 10.1089/aid.2006.22.79
  21. Botros B.A., Aliyev Q.M., Saad M.D., Michael A.A., Sanchez J.L., Carr J.K., Earhart K.C. HIV infection and associated risk factors among long-distance truck drivers travelling through Azerbaijan. Int. J. STD. AIDS 2009; 20(7): 477-82. doi: 10.1258/ijsa.2008.008396
  22. Lazouskaya N.V., Eremin V.F., Adema K.W., Gasich E.L., Baan E., Lukashov VV. The HIV Type 1 Epidemic in Belarus: Predominance of Eastern European Subtype A Strains and Circulation of Subtype B. Viruses AIDS Res. Hum. Retroviruses 2005; 21(9): 830-3. doi: 10.1089/aid.2005.21.83
  23. Sivay M.V., Totmenin A.V., Zyryanova D.P., Osipova I.P., Nalimova T.M., Gashnikova M.P. et al. Characterization of HIV-1 Epidemic in Kyrgyzstan. Front. Microbiol. 2021; 12: 753675. doi: 10.3389/fmicb.2021.753675
  24. Kirichenko A., Kireev D., Lopatukhin A., Murzakova A., Lapovok I., Saleeva D. et al. Prevalence of HIV-1 drug resistance in Eastern European and Central Asian countries. PLoS ONE 2022; 17(1): e0257731. doi: 10.1371/journal.pone.0257731
  25. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(12): 2725-9. DOI: 10.1093/ molbev/mst197
  26. jpHMM (jumping profile Hidden Markov Model). http://jphmm.gobics.de/
  27. Герасимов А.Н. Медицинская статистика: учебное пособие для студентов медицинских вузов. М.: МИА, 2007. 475 с
  28. Detecting and Responding to HIV Transmission Clusters. A Guide for Health Departments. June 2018. Draft Version 2.0. https://www.cdc.gov/hiv/pdf/funding/announcements/ps18-1802/cdc-hiv-ps18-1802-attachmente-detecting-investigating-and-responding-to-hiv-transmission-clusters.pdf
  29. Aibekova L., Foley B., Hortelano G., Raees M., Abdraimov S., Toichuev R., et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype A in former Soviet Union countries. PloS ONE 2018; 13(2): e0191891. doi: 10.1371/journal.pone.0191891

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ООО «Бионика Медиа», 2022