WEEGIT – software for visualization and annotation of the electrophysiological activity registration data

D. S. Suchkov; Сучков Д. С.; V. V. Shumkova; Шумкова В. В.; V. R. Sitdikova; Ситдикова В. Р.; V. M. Silaeva; Силаева В. М.; A. E. Logashkin; Логашкин А. Е.; A. R. Mamleev; Мамлеев А. Р.; M. G. Minlebaev; Минлебаев М. Г.

doi:10.31857/S0044467723060102

WEEGIT – приложение для визуализации и описания данных электрофизиологической активности

Авторы: Сучков Д.С.¹, Шумкова В.В.², Ситдикова В.Р.², Силаева В.М.², Логашкин А.Е.², Мамлеев А.Р.², Минлебаев М.Г.¹^,2
Учреждения:
1. Средиземноморский Институт Нейробиологии, ИНСЕРМ, Университет Экс-Марсель
2. НИЛ Новые инженерные решения современных лабораторных исследований, Казанский (Приволжский) Федеральный Университет
Выпуск: Том 73, № 6 (2023)
Страницы: 857-872
Раздел: МЕТОДИКА
URL: https://vietnamjournal.ru/0044-4677/article/view/652011
DOI: https://doi.org/10.31857/S0044467723060102
EDN: https://elibrary.ru/IKLQWI
ID: 652011

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Мастер визуализации информации об электроэнцефаллограмме – “WEEGIT” – программное обеспечение, предназначенное для визуализации и описания длительных регистраций сигналов. Длительные регистрации сигналов существуют в разных областях исследований и широко представлены в нейробиологии. В настоящее время регистрация электрофизиологической активности утвердилась как “золотой стандарт” в нейробиологических исследованиях. Поэтому мы предложили и апробировали “WEEGIT” как мощный и удобный инструмент для описания электрофизиологических записей. Мы объединили в “WEEGIT” наиболее востребованные функции, представленные в других коммерческих и некоммерческих программах. Представленное программное обеспечение может работать с широко распространенными форматами записей. “WEEGIT” позволяет адаптивно визуализировать до 512 каналов записи в различных временных масштабах без потери эффективности и без потребления дополнительных машинных ресурсов. Визуализация также включает опциональный встроенный пространственно-временной анализ (плотность источников тока или плотность потенциалов действия), отображаемый в виде фонового изображения. Встроенный набор дополнительных процедур фильтрации и преобразования сигнала позволяет улучшить визуализацию записи. “WEEGIT” имеет удобный графический интерфейс пользователя с возможностью одновременного просмотра и описания записей в одном рабочем пространстве. Описание может осуществляться как простым внесением текстовой информации, так и интерактивным размещением специализированных меток и объектов. Программа также позволяет сохранять данные в формате c пониженной дискретизацией как для всей записи, так и для определенных пользователем событий. В заключение следует отметить, что “WEEGIT” предоставляет большой набор инструментов для удобной работы как для начинающих пользователей, так и для специалистов в области электрофизиологических исследований, включая подготовку данных для последующего специализированного анализа.

Ключевые слова

электрофизиология, программное обеспечение, анализ

Список литературы

Altman Y. Findjobj – find java handles of Matlab graphic objects. MATLAB Central File Exchange 2023. https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/14317-findjobj-find-java-handles-of-matlab-graphic-objects
Buzsaki G., Anastassiou C.A., Koch C. The origin of extracellular fields andcurrents — eeg, ecog, lfp and spikes. Nature Reviews Neuroscience 2012. 13 (6): 407–420. https://doi.org/10.1038/nrn3241
Hazan L., Zugaro M., Buzsaki G. Klusters, neuroscope, ndmanager: A free software suite for neurophysiological data processing and visualization. Journal of Neuroscience Methods 2006. 155 (2): 207–216. https://doi.org/10.1016/j.jneumeth.2006.01.017
Nasiotis K., Cousineau M., Tadel F., Peyrache A., Leahy R.M., Pack C.C., Baillet S. Integrated open-source software for multiscale electrophysiology. Scientific Data 2019. 6 (1): 231. https://doi.org/10.1038/s41597-019-0242-z
Patel Y.A., George A., Dorval A.D., White J.A., Christini D.J., Butera R.J. Hard real-time closed-loop electrophysiology with the real-time experiment interface (rtxi). PLOS Computational Biology 2017. 13 (5): e1005430. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005430
Siegle J.H., Lopez A.C., Patel Y.A., Abramov K., Ohayon S., Voigts J. Openephys: an open-source, plugin-based platform for multichannel electrophysiology. Journal of Neural Engineering 2017. 14 (4): 045003. https://doi.org/10.1088/1741-2552/aa5eea
Tadel F., Baillet S., Mosher J.C., Pantazis D., Leahy R.M. Brainstorm: A userfriendly application for meg/eeg analysis. Computational Intelligence and Neuroscience 2011. https://doi.org/10.1155/2011/879716